サンダーバードは使ったことが無かったので験しに38.2をインストールして使ってみたところ
メールデータにおかしな点が見つかりました。初期設定のままな使用しているのでこれが標準だとすると
文字化けは避けられません。

どのように変なのかというと、ヘッダ情報（件名や差出人、宛先など）はUTF-8を使っているのに
本文はISO-2022-JP（JISコード）になっているのです。
どちらかに統一すれば文字化けは無くなると思います。
また、一般のメーラーはその辺りも考慮して自動で変換してくれるかもしれませんが、
メルプリにはそれができません。