マルウェアと判断する基準が何によるのかが判らないので誤検出かどうかは私からは何も言えません。
私自身はマルウェアを作ったつもりはないので出所の確かなところからダウンロードするなり取得したものであれば使用しても問題ないと思いますが。
ツールとマルウェアの違いは悪意を持ったプログラムかどうかに過ぎないと考えます。
何を悪意と解釈するかでどちらにもなりえます。私は善意で作ったつもりですがそれを悪意と考えるのであればマルウェアになるのでしょう。