メルプリ２を使用していますが、自動印刷で添付ファイのPDFが印刷される場合とされない場合が
あるのですがその違いが解らず困っています。
添付ファイルで何か注意しておかなければいけないことがあれば教えてください。

また、先ほどですが指定したプリンタではないプリンタに出力されるようになってしまいました。
Windowsの「プリンタとFAX」の設定では「通常使うプリンタ」に設定してあるプリンタを
「環境設定」の「専用プリンタ」と「動作設定」の「自動印刷プリンタ」に同じように設定しているのですが
なぜか違うプリンタに出力されてしまいます。
要因と考えられることはありますでしょうか？

まず使用環境を教えてください。
１．メルプリ２のバージョン：（例：Ver.1.1.5）
２．OS名とエディション：（例：Windows7 Ultimate）
３．PDF印刷アプリ：(例：Adobe Reader X)
４．印刷フィルターによる条件指定をしてますか？(例：していない、している場合は条件に合わないものは印刷されません)
５．PDF印刷の頻度：（例：頻繁＝連続して複数のメールから印刷される等）

「手動印刷でも添付ファイルを印刷する」設定になっている場合は、手動印刷でも印刷できないか確認してみてください。

以下が環境です。
１．メルプリ２のバージョン：Ver.1.1.5
２．OS名とエディション：WindowsXP SP3
３．PDF印刷アプリ：Adobe Reader9
４．印刷フィルターによる条件指定をしてますか？：していません
５．PDF印刷の頻度：連続して複数のメールから印刷しています

「手動印刷でも添付ファイルを印刷する」では印刷できます。

> 「手動印刷でも添付ファイルを印刷する」では印刷できます。

PDF自体の印刷は問題ないようなので、一つ考えられるのは
印刷命令が連続して発生すると先の印刷が済む前に次の印刷が実行されて前の分が
キャンセルされた可能性です。
ただ、これについてはPDF印刷設定で「DDE方式」が選択されていれば発生しないはずです。
PDF印刷設定はどうなっていますか？

> > 「手動印刷でも添付ファイルを印刷する」では印刷できます。
>
> PDF自体の印刷は問題ないようなので、一つ考えられるのは
> 印刷命令が連続して発生すると先の印刷が済む前に次の印刷が実行されて前の分が
> キャンセルされた可能性です。
> ただ、これについてはPDF印刷設定で「DDE方式」が選択されていれば発生しないはずです。
> PDF印刷設定はどうなっていますか？

PDFの設定は、「DDE方式」になっています。
ただ、受信の間隔が１分としていましたがこれは問題ないでしょうか?

> PDFの設定は、「DDE方式」になっています。
> ただ、受信の間隔が１分としていましたがこれは問題ないでしょうか?

あまり関係ないと思いますが、もう少し細かく動作を確認したいので詳細ログを取ってみてください。
環境設定の動作設定にある「ログ設定」を開き、デバッグ用ログを有効にします。
しばらく運用して再びPDF出力の不具合が発生したらそのログをメールでお送りください。
メールアドレスはヘルプを開くと表記されています。

ご提供いただいた詳細ログにより不具合が判明しましたので修正しました。