F2キーで　コピーしますが
何かの拍子にダイアログが出るようになりました
　「このダイアログを閉じて1秒後にフレーム内部をコピーします」

これをもとに戻すにはどうすればいいでしょうか

セルフタイマーが設定されています。
テンキーの「１」を何かの拍子に押したのでしょう。
ScreenCutterがアクティブなときにテンキーの「０」から「９」を押すと
フレーム内コピーのタイマーがセットされます。
再度「０」を押せば解除されます。
もしくは、「環境設定」−「実行オプション」の「セルフタイマー」の
フレーム内を「０」秒に変更修正してください。